Perú er venjulega skipt í þrjú meginsvæði:  Þurra strandlengjuna í vestri, hrikaleg Andesfjöllin í miðju og rakt Montana í hitabeltisskógum Amasón í austri.

Strandlengjunni er hægt að skipta í norður-, mið- og suðurhluta með tillite til sléttlendis og fjarlægðarinnar milli Andesfjalla og sjávar.  Flatlendið mjókkar frá norðri til suðurs.  Nyrzt, frá Ekvador til Chimbote er strandsléttan 33-50 km breið, en breiðust  í Sechura-eyðimörkinni, sunnan Piura, 150 km.  Miðstrandlengjan frá Chimbote til Nazca er mjórri og einkennist af hrjúfum hæðum út frá Andesfjöllum, allt í sjó fram.  Frá Nazca suður að landamærum Síle er strandlengjan að mestu lágfjöllótt.  Suðurdalirnir eru mjóir og undirlendið er lítið og dreift með ströndinni.

Andesfjöllin.  Þessi fellingafjöll byrjuðu að myndast á júratímanum fyrir 190 miljónum ára, þegar land- og sjávarset safnaðist í Andessamhverfuna og Suður-Ameríkuflekinn fór að ganga yfir Kyrrahafsflekann.  Snemma á tertíertímanum (fyrir 65 miljónum ára) hófst eldvirkni, sem myndaði ríólít- og dasítlög með kopar, járni, silfri, molybdenum og magnesíumæðum.  Kolabirgðirnar í miðhlutanum eru einnig frá þessum tíma.  Fellingamyndunin hélt áfram á síðtertíer og eldvirkni jókst.  Þessi aukna virkni skildi Andesfjölli frá eldri strandfjöllunum og miðlægðin myndaðist.  Í upphafi kvartertímans voru Andesfjöllin orðin hærri en þau eru núna.  Fyrir 2½-3 miljónum ára kólnaði um allan heim og jöklar mynduðust á hæstu tindum.  Stöðuvötnin í suðurhlutanum eru afleiðing bráðnunar jökla, sem hófst fyrir u.þ.b. 17.000 árum, og síðan þá hafa engar stórbreytingar orðið á Andessvæðinu, þótt fellingahreyfingum og eldgosum sé ekki lokið.

Þrír aðalfjallgarðar liggja út frá Andesfjöllum í Perú.  Þeir eru kallaðir Occidental, Central og Oriental, þótt þessi nöfn séu ekki notuð í Perú.  Hlíðar Andesfjalla eru víðast aflíðandi í noðurhluta landsins og mesta hæð þeirra í kringum 5000 m.  Í miðhlutanum eru þau hærri og hrjúfari og erfið yfirferðar.  Aðalskarðið austan Lima er rúmlega 4500 m hátt.  Margir fjallatindar þar eru snævi þaktir og laða að sér fjalla- og ferðamenn.  Cordillera Blanca er vinsælasti hlutinn, þar sem hæsti tindur landsins, Huascarán, trónir (6729m).  Í suðurhluta landsins eru Andesfjöllin að mestu háslétta, Puna, í 4000-5000 m hæð yfir sjó.  Dreifðir tindar standa upp úr hásléttunni (6364m).  Þetta er að mestu röð eldfjalla, sem byrja á Misti í grennd Arequipa og teygjast inn í Síle.

Montana.  Lægri hlíðar Vestur-Andesfjalla líða niður í þéttan hitabeltisfrumskóg Amasónlægðarinnar, sem nær yfir rúmlega 40% landsins.  Þetta svæði er líka kallað „selva”.  Þarna er öldótt landslag og sléttur, sem teygjast austur að landamærum Kólumbíu, Brasilíu og Bólivíu.  Hæðin yfir sjó lækkar smám saman úr 1000 m við austurhlíðar Andesfjalla í 80 m meðfram Amasónfljótinu við landamæri Brasilíu.

Vatnasvið.  Flestar árnar, sem falla í Kyrrahaf, eru stuttar (almennt innan við 330 km langar) og brattar með mismunandi vatnsmagni eftir árstíðum.  Flestar eru þær vatnsmestar á tímabilinu desember til marz og síðan tekur við langur þurrkatími.  Stærstu árnar, s.s. Santa, halda nokkru vatnsmagni allt árið.  Uppi í Andesfjöllum eru upptök allra helztu ánna, sem streyma til vesturs og austurs.  Í suðurhlutanum renna nokkrar ár um hásléttuna (altiblano) til Titicaca-vatns, sem er á landamærum Bólivíu í 3788 m hæð yfir sjó og þar með hæstliggjandi skipgenga stöðuvatn heims.

Stórar ár einkenna Montana-svæðið.  Amasónfl´jotið er stærsta fljót heims og kemur upp víða í Andesfjöllum í Perú.  Ein aðalkvíslanna, Ucayali, kemur upp í Suður-Perú, rúmlega 2800 km frá ármótum aðalárinnar.  Amasónfljótið er skipgengt en stóru þverárnar, s.s. Maranón, Huallaga og Ucayali, aðeins stuttan spöl vestan Iquitos.  Þessar ár renna til norðurs um langa og djúpa dali áður en þær snúa til Amasónfljótsins í austri og eru fremur hindrandir en samgönguleiðir.

Jarðvegur.  Lítið er um frjósaman jarðveg í Perú.  Á strandlengjunni eru árdalirnir víðast frjósamir.  Sums staðar hefur landið verið ofnýtt með þeim afleiðingum, að jarðvegurinn er orðinn saltur.  Milli dalanna er aðallega ófrjósamur áfoksjarðvegur.  Uppi í Andesfjöllum er víða frjósamur jarðvegur í dölum en í hliðunum er hann þunnur og gæðarýr.  Í Montana (selva) er regnskógajarðvegurinn laus í sér, þegar skógurinn hefur verið ruddur og veðrast fljótt brott.

Loftslagið.  Landið skiptist í þrjú aðalloftslagssvæði á sama hátt og landinu er skipt í samræmi við landslag:  Strandlengjan, Andesfjöll og Montana (selva).

Strandlengjan.  Frá landamærunum að Ekvador suður að norðurlandamærum Síle ríkir eitthvert þurrasta loftslag jarðar, sem skapast aðallega af regnskugga Andesfjalla, þurrum loftmössum frá háþrýstisvæðum yfir Kyrrahafi og köldum hafstraumum (Perú- eða Humboltstraumnum), sem lítið gufar upp úr.  Eyðimörkin meðfram ströndinni er ekki heit.  Meðalhitinn á veturna er 19°C og 22°C á sumrin.  Þrátt fyrir þurrkinn, er sums staðar nægilegur loftraki til að mynda þoku á veturna (garúa), sem vökvar tiltölulega fábreyttan gróður.

Andesfjöllin búa yfir fjölbreyttum loftslagsskilyrðum eftir breiddargráðu, hæð yfir sjó, ríkjandi vindáttum og áhrifum regnskuggans.  Hitastig fellur almennt með hæð yfir sjó og úrkoma minnkar frá norðri til suðurs og frá austri til vesturs.  Á regntímanum (desember-marz) rignir mest nyrzt og meðfram austurjaðri fjallanna.  Hitasveiflur eru litlar milli árstíða en mikill munur er á milli dags og nætur.  Meðalhitinn í janúar í Cuzco (3380m) er 11°C og í júlí 8°C.  Hitasveiflur milli dags og nætur geta numið 22°C.  Hærra uppi í fjöllum snjóar og sumir tindar eru þaktir eilífum snjó.

Regnskógaloftslagið er rakt í Montana.  Úrkoma á öllu svæðinu er mikil (Iquitos = um 2300 mm á ári) allt árið, þó mest frá desember til marz.  Hitasveiflur eru litlar milli árstíða en hitamunur dags og nætur er talsverður.  Dagshiti í Iquitos fer stundum upp í 35°C en getur fallið niður fyrir 15°C.

El Nino.  Mestu loftslagssveiflur í landinu eru óreglulegar, á u.þ.b. 10 ára fresti.  Þessi óregla er oft nefnd El Nino (Barnið) vegna þess að hennar verður oftast fyrst vart um jólaleytið.  Þetta ástand er aðeins hluti af mun meiri breytingum á loft- og sjávarskilyrðum yfir og í Kyrrahafinu.  Ástæður þessara breytinga eru enn þá ekki kunnar að fullu en afleiðingar þeirra valda því, að hlýr sjór kemur í stað kalda Perú- eða Humboltsstaumsins, mikið rignir í eyðimörkum strandlengjunnar og þurrkar ríkja á suðurhásléttunum.  Þegar þessar loftslagsbreytingar eru alvarlegastar (1925 og 1983) valda þær miklu umhveristjóni og efnahagslegum hremmingum.

Flóra og fána landsins fylgir landfræðilegri skiptingu milli strandlengjunnar, Andesfjalla og Montana (Selva).

Strandhéruðin.  Lítið þrífst af plöntum á hrjóstrugum eyðimörkum strandlengjunnar.  Þar sem þoka (lomas) ríkir, vex blanda af grasategundum og öðrum jurtum.  Í norðurhéruðunum er hluti eyðimarkanna þakinn rótalausum plöntum, runnum eða sígrænum trjám (mesquite).  Mest ber á fjölbreyttu fuglalífi með ströndum fram og mörgum tegundum sjávarspendýra og stórum fiskistofnum.  Þar er gríðarmikið af ansjósu, aborra, túnfiski, sverðfiski og marlin.  Á afskekktum stöðum er mikið um sæljón.  Meðal fuglategunda eru pelikanar, dílaskarfar, súlur og margar mávategundir.  Humbolt-mörgæsir eru í útrýmingarhættu en finnast enn þá á Ballestas-eyjum í nágrenni við Paracas-höfða.

Andesfjöll.  Tvö plöntusamfélög einkenna hálendi Perú, puna-graslendið í 4000-5000 m hæð yfir sjó og neðar vaxa innlendar tegundir blandaðar innfluttum.  Mikið er um fóðurgras og þar eru lamadýrin á beit.  Lægra í fjöllunum eru ræktaðar kartöflur, guinoa og maís.  Nokkrar tegundir tröllatrjáa eru komar í stað hinna náttúrulegu.

Montana.  Austurhlíðar Andesfjallanna og Andeslægðin eru þakin þykkum regnskógum.  Þar er aragrúi plöntu- og dýrategunda (jagúar, rúmlega 1 m löng rottutegund (capybara), tapír og fjöldi apategunda).  Fugla- og fiskategundir eru sérstaklega athyglisverðar.  Í skógunum vex fjöldi harðviðartegunda og annarra trjáa, sem eru nýtilegar til margra hluta.  Uppi í Andeshlíðum eru strjálir akrar, þar sem íbúarnir rækta kókóplöntuna.