Japanski eyjaklasinn teygist 2.790 km frá norðaustri til suðvesturs.  Mesta breidd hans er 400 km (að meðaltali 230 km).  Hann liggur á milli 45°22' og 20°25' N og 123° og 149°A (umdeilt vegna Kúrileyja; 56 eyjar; 1200 km að Kamtshatkaskaga).  Fjórar aðaleyjar, Hokkaido (75.515 km²), Honshu (231.023 km²), Shikoku (18.803 km²) og Kyushu (42.132 km²) eru 97% flatarmáls Japanseyja.  Það, sem á vantar 372.723 km² alls eyjaklasans þekja 3.918 aðrar eyjar.  Margar þeirra eru litlar, óbyggð sker og drangar.  Strandlengja eyjanna er samtals 29.700 km löng.