Yfirborð Möltu hækkar til suðvesturs í síhækkandi, öldóttu landlagi.  Austurhlutinn er hæðóttur og u.þ.b. 100 m hár og vestar er greinilegt kalkmisgengi og karstslétta.  Á austanverðri eyjunni eru góðar náttúruhafnir en vesturströndin er víðast sæbrött og hafnlaus.  Aðallandbúnaðarsvæðin eru í dölum austurhlutans og þar eru mestu þéttbýlissvæðin.

Gozo er u.þ.b. 5 km norðvestan Möltu og á milli eyjanna er Comino go Cominotto, sem skipta Cominosundinu í tvennt.  Landslag á Gozo er svipað Möltu en lægra.

Loftslagið er einkennandi fyrir Miðjarðarhafssvæðið.  Á sumrin eru eyjarnar í háþrýstibelti útjaðars hitabeltisins, sem færist til suðurs á veturna, þannig að kalt loft að norðan á greiðan aðgang að svæðinu.  Sumrin eru heit og þurr og veturnir úrkomusamir.  Meðahiti júlímánaðar er 27°C og í janúar 12,5°C.  Hitinn fer ekki niður fyrir frostmark á eyjunum.  Meðalársúrkoman er í grennd við 600 mm og mest rignir í nóbember og desember, minnst í júlí.  Veðurlagið frá apríl til september er þurrt og meira gufar upp en fellur til jarðar.

Gróðurfarið er líka einkennandi fyrir Miðjarðarhafssvæðið og mikið ber á runnagróðri (garrigue eða macchie), fjaðurgrasi, blóðbergi, beitilyng, einir og pistasíuhnetur, sem blómsta fagurlega á vorin meðað úrkoma er enn þá nægileg.  Garriguerunnarnir komu í stað trjáa á skógi vöxnum svæðum, sem Fönikíu- og Púníumenn hjuggu niður eftir 900 f.Kr.  Þeir notuðu viðinn til skipasmíða.  Trjáleysið dró verulega úr raka jarðvegsins og olli uppblæstri og hefur dregið úr möguleikum til ræktunar fram á okkar daga.  Margar hitasæknar plöntur í viðbót prýða landslagið, s.s. aleppofuran, fíkjukaktusar, agave og oleander.  Þeim var plantað í gegnum tíðina líkt og ólífutrjánum, sem urðu að víkja fyrir baðmullarræktinni á 19. öldinni.