Miðfjallgarðurinn teygist næstum eftir landinu endilöngu.  Hann skiptist í nokkur fjalllendi, Tabasaráfjöll (Mið-Cordillera) í vestri og Cordillera de San Blas í austri.  Þessi fjalllendi skiptast nokkurn vegin í miðju heildarfjallgarðsins, þar sem er lágur háls á milli þeirra.  Þessi lægð skiptir landinu nokkurn veginn í austur- og vesturhluta og um hana liggur Panamaskurðurinn.  Byggðin er mest í suðvesturhlutanum, en mest verzlun og viðskipti fara fram meðfram skurðinum.  Hæsti tindur landsins er óvirkt eldfjall, Barú (Chiriquí), sem teygir sig upp í 3475 m hæð yfir sjó. Samhliða fjallgarðinum er bogi lægri strandfjalla í sunnanverðu landinu.  Hann skiptist greinilega á nokkrum stöðum, m.a. Azueroskaga, þar sem eru Canajaguafjöll, og í austurhluta landsins eru Sierra de Jungurudó, Sapofjöll og Majéfjöll.  Hálendið og fjöllin hafa að langmestu leyti hlaðizt upp í eldgosum.

Meðal láglendissvæða eru sléttur Panamá- og Chiriquíhéraðanna, sléttur og hæðir Colónhéraðs, árbakkar Chepo- og Shucunaqueánna í austurhlutanum og mjóar slétturnar Karíbamegin.  Setlög er víðast að finna undir láglendinu.  Vogskorin Kyrrahafsströndin nær milli Azueroskaga og Panamaflóa.  Karíbamegin er ströndin flatari og Chiriquilónið myndar stærsta flóann.  Kyrrahafsmegin er landgrunnið mun stærra og margfalt fleiri eyjar þar en austan landsins.  Stærstu eyjarnar eru Perlueyjar, Taboga, Cébaco, Parida, Jincarón og Coiba.  Aðaleyjaklasarnir Karíbamegin eru Bocas del Toro og San Blas.