Vatnasvið.  Margar stuttar ár renna til sjávar frá fjallendinu.  Karíbamegin, Sixaola, Changuinola, Indio, Cricamola, La Miel og Chagres.  Kyrrahafsmegin, Chiriguí Viejo, Santa María, Chepo, Chucunaque og Tuira.  Á regntímanum er Tuiraáin skipgeng 60 km inn í land og Chepoáin 30 km.  Vatnið í Panamaskurðinum streymir ekki hafa á milli.  Það er leitt frá Gatún- og Alajuelavötnunum á miðhálendinu.  Það rennur því til beggja stranda um skurðinn.

Jarðvegur er víðast rauð- og búnleitur og mikið blandaður leir.  Hann er misfrjósamur og sums staðar verður að nota áburð.  Þar sem hann er minna frjósamur er stunduð skiptiræktun.  Víða eru smáskikar skóglendis ruddir og notaðir á meðan önnur ræktunarsvæði eru hvíld og jarðvegurinn látinn jafna sig í nokkur ár.  Árframburður (leir, set, sandur og möl) er mjög frjósamur í árdölum og árósum.  Bananaplantekrur við Puerto Armuelles og vesturhluta Bocas del Toro eru að mestu á svæðum með árframburði.  Tilraunir til ræktunar á fenjasvæðum meðfram ströndum landsins hafa líka gefið góða raun.  Öskublandaður jarðvegur er víða mjög frjósamur.

Loftslagið er talsvert mismunandi í sunnan- og norðanverðu landinu, einkum hvað úrkomu snertir.  Karíbamegin Tabasaráfjalla, sem snúa móti rökum staðvindunum, er úrkoman 1500-3550 mm á ári og þar rignir meira og minna allt árið. Kyrrahafsmegin, þar sem er þéttbýlla, eru þessar tölur 1140-2290 mm og þar er úrkoman mismunandi eftir árstíðum.  Í Chiriquíhéraði er þurrkatími frá janúar til apríl og marz er venjulega þurrasti mánuðurinn.  Vegna þessa loftslagsmunsturs er meira um regnskóga Karíbamegin en steppur á milli Tabasaráfjalla og Kyrrahafsstrandarinnar.  Meðfram kólumbísku landamærunum rignir allt árið.

Vegna legu sinnar í hitabeltinu er hiti mjög sjaldan undir 26°C í landinu.  Fjalllendið skapar þrjú loftslagsbelti, heitt og lágt neðan 700 m, sem er u.þ.b. 10% landsins, temprað belti milli 700 og 1500 m, sem er nærri 90% lands, og kalt belti ofan 1500 m.  Hvert þessara belta hefur sérstök gróðursamfélög og mismunandi ræktunarskilyrði.  Kakó og bananar neðst og kaffi í tempraða beltinu.

Gróður og dýralíf.  Þrátt fyrir smæð landsins, er landslag fjölbreytt og ótrúlega margir staðir hagstæðir ýmiss konar dýralífi og gróðri:  Hitabeltisskógar, steppur, fjallaskógar, flæðilönd og fenjaskógar, kórallarif og strendur.  Lega landsins milli tveggja heimsálfa ber ríkulegan vott um tegundir beggja, þó einkum Suður-Ameríku.  Þar er því að finna ýmis villt landspendýr, s.s. apa, mauraætur, beltisdýr, jagúara, tapíra og dádýr.  Risaskjaldbökur verpa á sendnum ströndum og fá sambærileg landsvæði státa af jafnmörgum fuglategundum, bæði varp- og farfuglum.

Þjóðgarðar og önnur verndarsvæði ná yfir u.þ.b. 17% landsins og eru rómuð fyrir regnskógana og fjölbreytta flóru og fánu.  Dariénsvæðið í austurhlutanum var gert að þjóðgarði 1980 og bætt á heimsminjaskrá UNESCO árið eftir.  La Amistad þjóðgarðurinn var stofnaður 1988 meðfram verndarsvæðinu Talamanca Range-La Amistad í Kostaríku og bæði svæðin voru sameiginlega sett á heimsminjaskrána 1990.  Aðrir þjóðgarðar eru m.a. Chagres (1984), Porotbelo (1976) og Coiba (1991).