Kyrgyzstan er á mótum asísku fjallarisanna tien Shan og Pamír.  Þeir eru röð fjallgarða, sem liggja aðallega frá austri til vesturs.  Pobedy (7439m; rússneska = sigur) var næsthæsti tindur fyrrum Sovétríkjanna.  Rúmur helmingur flatarmáls lýðveldisins liggur hærra en 2500 m.y.s. og aðeins áttungur liggur neðan 1500 m.  Jöklar þekja rúmlega 3% landsins og meginlandsloftslag ríkir á fjölbreyttan hátt.  Meðaldagshiti í dölunum í júlí er 25°C-27°C og -4°C í janúar.  Mun kaldara er hærra uppi í fjöllunum.

Vatnasvið árinnar Naryn og fleiri þveráa Syr Darya nær yfir rúmlega helming landsins.  Fjöldi lækja og áa renna um dali Norður-Kyrgyzstan og hverfa í eyðimörkum og hálfeyðimörkum Kazakhstans.  Stærsta stöðuvatn landsins og hið fjórða dýpsta í heimi,Ysyk-Köl, liggur í 1,6 km hæð yfir sjó.  Víðast eru stepper og skógar þekja u.þ.b. 3,5% landsins.  Ræktanlegt land nemur aðeins 7%.  Meðal sjaldgæfra, villtra og lögverndaðra dýrategunda eru Tien Shan-birnir, rauði úlfurinn og snjóhlébarðinn.