Flóaeyjar (Bay Islands; Islas de la Bahía; brezkar) eru nokkrar smáeyjar í Karíbahafi, 56 km norðan landsins og alls 261 km².  Kristófer Kólumbus sá þær fyrst árið 1502 og þar settust enskir sjóræningjar að árið 1642.  Um tveggja alda skeið (1650-1850) deildu Spánn, Hondúras og England um yfirráðin þar og Karíbaindíánar frá St. Vincent á Hléeyjum voru fluttir til fangelsiseyjarinnar Roatán.  Árið 1852 innlimuðu Bretar eyjarnar en þeir létu Hondúras þær eftir sjö arum síðar.  Aðalbærinn, Roatán, er á samnefndri eyju.  Megináherzlan er lögð á ræktun banana, cassavarótar, kókóshnetna, kartaflna og nautgripa auk þess sem fiskveiðar eru talsverðar.  Flestir íbúanna voru enskumælandi mótmælendur þar til síðla á 20. öldinni, þegar æ fleiri spænskumælandi íbúar meginlandsins fóru að koma sér fyrir þar.  Áætlaður íbúafjöldi 1988 var 21.553.

Höfuðborg eyjanna, Roatán, er á suðvesturströnd samnefndrar eyjar, sem er hin stærsta í eyjaklasanum.  Bærinn er líka þekktur undir nafninu „Coxen’s Hole”.  Rústir virkja sjóræningja frá 17. öld eru enn þá sýnilegar.  Bandaríski sjóræninginn William Walker lagði upp þaðan í þriðju og síðustu sjóferð sína til Mið-Ameríku árið 1860.  Roatán er núna aðalviðskiptamiðstöð eyjanna með skipasmíðastöð og niðursuðuverksmiðjum fyrir fisk, ávexti og kjöt.  Aðalútflutningsvaran er kókóshnetur.  Á áttunda áratugnum hófst þjónusta við ferðamenn.  Reglulegar flug- og ferjusamgöngur eru milli meginlandsins og eyjarinnar og innbyrðis til næstu eyjar, Guanaja.  Áætlaður íbúafjöldi var 6330 árið 1983.