Mestur hluti landsins er háslétta, sem hallar hægt úr 1500 m hæð yfir sjó í 900 m í norðurhlutanum.  Fjöll og dalir eru á útjaðri hásléttunnar.  Vestantil eru Virungafjöll, Ruwenzori-fjallgarðurinn og vesturhluti Sigdalsins mikla.  Eldvirk Virungafjöllin rísa í allt að 4125 m á toppi Muhavura-fjalls og þar er einnig Sabinio-fjall (3645m) á landamærunum að Kongó (Kinshasa) og Rúanda.  Norðar er Ruwenzori-fjallgarðurinn, sem rísa hæst á tindi hæsta fjalls landsins, Margherita (5115m), sem er þakinn snjó og jökli.  Milli Virunga- og Ruwenzori-fjalla eru stöðuvötnin Edward og George.  Annars staðar á landamærunum er vesturhluti Sigdalsins mikla með stöðuvatninu Albert og ánni Albert-Níl.

Á norðausturmörkum hásléttunnar er keðja eldfjalla, m.a. Morungole-, Moroto- og Kadam-fjöll, sem eru öll hærri en 2750 m.  Suðaustasta fjallið, Elgon, er hæst í þessari keðju (4321m).  Sunnan og vestan þessara fjalla er austurhluti Sigdalsins mikla og Viktoríuvatn.  Norðan hásléttunnar, á landamærunum að Súdan, eru Imatong-fjöll, sem ná allt að 1800 m hæð yfir sjó.

Vatnakerfi.  Sex stór stöðuvötn eru uppistaðan í vatnakerfi landsins.  Viktoríuvatn, 69.790 km², er næststærsta ferskvatnsstöðuvatn heims á eftir Miklavatni í N.-Ameríku (Lake Superior) og leggur vatn til Nílar.  Edward- og George-vötn eru þarna suðvestantil, Albertvatn í vestri, Kvogavatn í Mið-Úganda og Bisinavatn í austri.  Auk þessara stöðuvatna eru átta ár helztar, Viktoríu-Níl, Achwa, Okok og Pager, Albert-Níl og Kafu, Katonga og Mpongo.

Árnar í suðurhlutanum renna til Viktoríuvtns um Owen-fossa í grennd við Jinja og mynda upptök Viktoríu-Nílar.  Hún rennur til norðurs um austurarm Kyogavatns.  Þaðan sveigir hún til vesturs og norðurs um Karuma- og Murchison-fossa áður en hún rennur í Albertsvatn.  Afrennsli þess er til norðurs um Alberts-Níl (Al-Jabal), sem fær nafnið Fjalla-Níl eftir að hún er komin inn í Súdan við Nimule.  Árnar, sem koma upp norðan Viktoríuvatns renna til Kyogavatns en árnar norðan þess renna að mestu til Alberts-Nílar.  Árnar í suðvesturhluta landsins renna til George- og Edwardsvatna.  Meðfram flestum ánum, nema Viktoríu- og Alberts-Nílanna, eru mýrar og fen.  Silfurtærar ár og lækir streyma niður fjallahlíðar og fossa niður hamra misgengis Sigdalsins mikla.  Rennsli flestra þeirra er árstíðabundið.  Flestar hverfa á þurrkatímanum.

Jarðvegur er víðast frjósamur.  Umhverfis Viktoríuvatn er einhver frjósamasti jarðvegur heims.  Vatnsósa leirjarðveg er að finna á nokkrum stöðum í norðvesturhlutanum og við vestanvert Viktoríuvatn.

Loftslagið ræðst af hæð landsins yfir sjávarmáli og víða af stóru stöðuvötnunum.  Helztu loftmassarnir koma úr norðuraustur- og suðvesturáttum.  Sólarstaðan breytist lítt allt árið vegna legu landsins við miðbaug og lengd dags og nætur er nær alltaf 12 klst.  Himinninn er oftast skýjaður, þannig að loftslagið er oftast þægilegt allt árið.  Úrkoman er víðast nægileg.  Meðalársúrkoman er á milli 500 mm í norðausturhlutanum og 3000 mm á Sese-eyjum í Viktoríuvatni.  Sunnantil eru tvö regntímabil (apríl-maí og október- nóvember) og milli þeirra þurrkatímar.  Stundum skella samt á þrumuveður með mikilli úrkomu.  Norðantil er regntími frá apríl til október og síðan þurrkatími frá nóvember til marz.