Amu Darya á upptök sín á Pamírhásléttunni í Mið-Asíu.  Hún er u.þ.b. 2495 km löng og streymir til norðvesturs meðfram landamærum Tajikistan og Afghanistan og síðan á landamærum Turkmenistan og Uzbekistan.  Eftir að hafa runnið um Karakalpakistan hverfur hún í Stóra-Aralvatn, sem er aðskilið frá Litla-Aralvatni síðan 1988 vegna uppgufunar og minna vatnsmagns, sem rennur til þess.  Allt frá miðri tuttugustu öld hefur miklu magni af vatni verið veitt úr Amu Darya á leið hennar til áveitna.  Á níunda áratugnum rann sáralítið vatn til Aralvatns um Amu Darya af þessum sökum.

Svipaða sögu er að segja um Syr Darya, þannig að vatnsmagn Aralvatnsins hefur minnkað um rúmlega 70% síðan 1960.  Kara Kum-skurðurinn í fyrrum Sovéltríkjunum er aðalsökudólgurinn. Hann er einhver lengsti skurður heims og tekur mikið vatn úr Amu Darya, u.þ.b. 12 rúmkílómetra á ári.  Þessar aðgerðir hafa líka komið í veg fyrir flutninga á ánni, en helmingur lengdar hennar var skipgengur áður.  Neðri hlutar árinnar kvísluðust fyrrum um stóra óshólma og stuðlaði að grózku þeirra.  Þar er nú auðnin tóm.  Áin hefur flæmst talsvert í aldanna rás.  Á þriðju og fjórðu teinöldum f.Kr. streymdi hún til vesturs frá Khorezm-vininni til Sarykamysh-vatns og þaðan út í Kaspíahaf.  Frá 17. öld og fram á áttunda áratug 20. aldar rann hún til Aralvatns nema í miklum flóðum.  Þá kvíslaðist hluti hennar til Sarykamysh-vatns.