Stjórnkerfi Úzbekistans byggist enn þá (2000) að sumu leyti á Sovétkerfinu.  Þingið heitir enn Sovézta æðstaráðið og starfar í einni deild.  Fjöldi þingmanna er 550.  Þeir voru kosnir á þing í marz 1990, hálfu öðru ári áður en landið fékk sjálfstæði.  Flestir þeirra eru meðlimir fyrrum kommúnistaflokksins, Þjóðarflokks demókrata.  Flestir þingmenn stjórnarandstöðunnar, sem voru kosnir 1990, hafa verið neyddir til að segja af sér og nokkrir áberandi stjórnarandstæðingar havar verið handteknir eða reknir úr landi.  Athyglisverðasta dæmið um valdníðslu yfirvalda var mannrán Abdumannob Pulatovs, leiðtoga bannaða stjórnmálaflokksins Birlik (Einingar), þegar hann var á ráðstefnu um mannréttindamál í Kyrgyzstan.  Hann var dæmdur til þriggja ára fangavistar fyrir álygar á forseta landsins, Islam Karimov (1991-) en var látinn laus skömmu eftir réttarhöldin.  Daginn áður en honum var rænt samþykkti úzbekska þingið stjórnarskrárbreytingar, sem tryggðu þegnunum almenn mannréttindi.

Islam Karimov sigraði með 86% atkvæða í kosningunum 1991 án mótframboðs og fékk 200 af 205 sætum á þingi árið 1994.  Hann skipar forsætisráðherra og stjórnar svokölluðu hakimkerfi landstjóra, sem var komið á til að efla miðstýringu ríkisins.  Honum tókst að berja niður alla andstöðu við stjórnina og efldi völd öryggislögreglunnar.  Allt er gert til að takmarka fjölda og starfsemi andstöðuflokka, þannig að Birlik (Eining), Erk (Vilji) og Vatan Taragioti (Framfaraflokkur þjóðarinnar) eru einu slíku flokkarnir.  Borgarastríð hófst í nágrannaríkinu Tadjikistan árið 1992 og við það jókst þrýstingurinn á stjórnarandstöðuflokka Úzbekistans.  Yfirvöld hindruðu för flóttamanna frá Tadjikistan, bönnuðu samtök Tadjika í landinu og lokuðu háskóla Tadjika í Samarkand.  Fjölmiðlar voru settir undir stjórn yfirvalda.  Úzbekistan er aðili að CIS (Commonwealth of Independent States) og hefur náið efnahags- og hernaðarsamband við Rússa.  Í marz 1995 var kjörtímabili Karimovs forseta framlengt til ársins 2000 í þjóðaratkvæðagreiðslu ( 91,9%).  Hinn 9. janúar 2000 fóru fram sýndarkosningar með mótframbjóðandanum Abdulhasiz Jalalov, sem viðurkenndi að hafa greitt Karimow ativæði sitt.  Hinn 27. janúar 2002 voru samþykkt lög um lengingu kjörtímabil forseta landsins í 7 ár.  Karimov var aftur kosinn foseti til 2009.

Eftir árásir hryðjuverkamanna í BNA 11. september 2001 litu Bandaríkjamenn á Úzbekista sem hernaðarlega bandamenn í stríðinu gegn hryðjuverkamönnum vegna sameiginlegrar andstöðu gegn talibönum.  Alls var 800 manna herliði BNA komið fyrir í landinu í Karshi-Khanabad-herstöðinni (K2), þaðan sem hluti innrásarinnar í Afghanistan fór fram árið 2001.  Samband ríkjanna versnaði í maí 2005, þegar Bandaríkjastjórn gagnrýndi úzbesku stjórnina fyrir aðgerðir í mótmælum í Andijan.  Herlið BNA hvarf frá landinu í júlí 2005.