Eftir aldalanga búsetu í heimshluta Tadjekistan mynduðu Tadjekar ekki pólitískt samfélag fyrr en á þriðja áratugi 20. aldar.  Í aldanna rás kom fjöldi innrásahópa, s.s. Makedónar, arabar, mongólar o.fl.  Landið var hluti Mongólaveldisins á 13. öld og Bakhararíki á 16. öld.  Rússar náðu ekki yfirráðum fyrr en 1868.  Norðurhlutinn var innlimaður í Rússland en suðurhlutinn hélt áfram að vera hluti Bakhararíkisins en þó verndarsvæði Rússa.  Árið 1916 gerðu Tadjikar og fleiri Mið-Asíumenn uppreisn gegn Rússum, þegar þeir reyndu að gera íbúana herskylda í her keisarans.

Eftir Rússnesku byltinguna árið 1917, gerðu íbúarnir uppreisn gegn yfirráðum Rússa, sem brugðust við með því að innlima landið í Rússland til 1921, þegar það varð hluti af Túrkestan heimastjórnarsvæðinu í Sovétríkjunum.  Túrkestan náði einnig yfir hluta af núverandi Kazakhstan, Túrkmenistan og Úzbekistan.  Árið 1924 var núverandi Tadjekistan gert að sjálfstjórnarlýðveldi innan Úzbekistan (SSR).  Árið 1929 varð landið að sjálfstæðu Sovétlýðveldi og náði þá líka yfir Khojand-svæðið í Ferganadalnum, sem tilheyrði Úzbekistan áður.  Hrun Sovétríkjanna leiddi til sjálfstæðis Tadjikistan, sem gerðist aðili að Sameinuðu þjóðunum 1992.

Bardagar milli stuðningsmanna kommúnista og islamskra demókrata, sem eru hatramir andstæðingar kommúnista, brutust út í landinu árið 1992 og lauk með brottrekstri Rakhman Nabiyev forseta (1991-92), sem var formaður Kommúnistaflokksins snemma á níunda áratugnum.  Islömsku demókratarnir fengu vopn frá Afghanistan og náðu höfuðborginni á sitt vald.  Kommúnistar nutu herstyrks frá Rússum og Úzbekum náðu yfirráðum í landinu og mynduðu ríkisstjórn, þótt bardagar héldu áfram.

Eftir valdatökuna hóf ríkisstjórnin kúgunar og ofsóknarherferð gegn andstæðingum sínum.  Islamskir demókrataflokkar, s.s.Lali Badakhshan-hreyfingin, sem krafðist aukinnar sjálfstjórnar Gomo-Badakhshan-svæðisins, voru bannaðir 1992.  Dagblöð voru ritskoðuð og stjórnarandstæðingar fengu ekki að gefa þau út.  Fjöldi blaðamanna var handtekinn, margir hurfu sporlaust og fimm fundust látnir.  Leiðtogar stjórnarandstöðunnar voru einnig fangelsaðir.  Landsmenn bjuggust við endurlífgun islams eftir hrun kommúnismans og byggðu þúsundir moskna.  Ríkisstjórnin setti sérstök lög um trúarbrögð til að ná tökum á kennimönnum múslima.

Flestir embættismenn landsins voru skipaðir úr röðum íbúa Khojand- og Kilobhéraðanna.  Í nóvember 1994 voru samtímis þjóðaratkvæðagreiðsla og almennar kosningar.  Niðurstöðurnar voru aðallega þær, að embætti forseta var endurvakið og Imamali Rakhmanov var kosinn forseti.  Allir stjórnmálaflokkar stjórnarandstæðinga voru bannaðir og leiðtogar þeirra voru reknir úr landi.  Rússneskar hersveitir voru um kyrrt í landinu til að halda islömskum öfgamönnum í skefjum og hindra að þeir kæmust inn í landið frá Afghanistan.  Árið 1995 gerðu islamskir uppreisnarmenn í Afghanistan árás afskekktar landamærastöðvar mannaðar Rússum.  Markmið þeirra var að opna leið inn í Tadjikistan og Rússar litu það alvarlegum augum og ógn við veru sína í Mið-Asíu.