Saga landsins er allflókin, því núverandi Moldóvía varð ekki til fyrr en árið 1940.  Landið nær yfir tvo þriðjunga svæðis, sem hét Bessarabía.  Um aldir var nafnið Moldóvía notað um haft um stærra svæði, sem umlukti Bessarabíu frá Svartahafi í suðri til Búkvínu, fyrrum héraðs í Rúmeníu í norðri, og Siretárinnar í vestri og árinnar Dnestr í austri.

Gamla Moldóvía komst á legg á 15. öld og á sér langa sögu erlendra yfirráða.  Hún var undir yfirráðum Tyrkja á 16. öld og hluti norðurhlutans var innlimaður í Austurríska keisaradæmið á 18. öld.  Á árunum 1812-56 réðu rússar austurhlutanum, sem þeir nefndu Bessarabíu.  Eftir að Moldóvía fékk þetta svæði aftur (1856) sameinaðist hún Valakíu í konungsríkinu Rúmeníu 1859.  Þetta ríki stóð ekki lengi óbreytt.  Árið 1878 tóku Rússar Bessarabíu aftur og héldu henni til 1917.  Í marz 1918 ákvað þingið í Bessarabíu að landið sameinaðist Rúmeníu og á Parísarfundinum 1920 viðurkenndu BNA, Frakkland, Bretland og önnur Vesturlönd þessa sameiningu opinberlega.

Hin nýja Sovétstjórn hafnaði sameiningunni og gerði ráðstafanir til að ná landinu aftur undir sig.  Árið 1924 var heimastjórnarlýðveldið Moldóvía stofnað sem hluti Sovétríkjanna.  Úkraínska borgin Balta var höfuðborg þess til 1929, þegar Tiraspol fékk hlutverkið.  Innan við þriðjungur íbúa lýðveldisins var rúmenskur um miðjan þriðja áratuginn.

Árið 1939 fengu Rússar yfirráð yfir Bessarabíu með Mólótov-Ribbentrop-samningnum, sem skipti Austur-Evrópu milli Sovétríkjanna og Þýzkalands.  Þrátt fyrir hlutleysisyfirlýsingu Rúmena í sept. 1939, neyddu Sovétmenn þá til að afsala sér Bessarabíu og rússneskur her settist þar að í júní 1940.  Í fyrstunni notaði Sovétstjórnin nafnið Bessarabía um landið en 2. ágúst 1940 var lýst yfir stofnun lýðveldisins Moldóvíu (SSR) og gamla Moldóvíulýðveldið (ASSR) hætti að vera til.  Trans-Dnestr-svæðið féll undir hið nýja lýðveldið en restin af gömlu Moldóvíu var innlimuð í Úkraínu.  Rúmenskar hersveitir lögðu nýja lýðveldið undir sig á árunum 1941-44, þegar Rússar náðu því aftur.  Moldóvía var eitt Sovétlýðveldanna til hruns kommúnismans í Austur-Evrópu 1991.  Þá var stofnað sjálfstætt lýðveldi, sem gerðist aðili að CIS (Commonwealth of Indipendent States) sama ár.  Næsta ár gerðust Moldavar aðilar að Sameinuðu þjóðunum.

Allt frá síðustu árum níunda áratugarins hafa stjórnmál í landinu aðallega snúizt um þjóðernismál í landinu og borgarastyrjöld kostaði hundruð mannslífa.  Eftir að rúmenska var gerð að opinberu tungumáli landsmanna með lögum 1989 risu upp hreyfingar aðskilnaðarsinna í suður- og austurhlutum landsins.  Embættismenn í héruðum landsins austan Dnestrárinnar neituðu að framfylgja tungmálslögunum vegna fjölda slava, sem bjuggu þar, en voru ekki meirihluti íbúanna á þessum slóðum.  Þá var stofnuð stjórnmálahreyfingin Yedinstvo (rússn. = eining) til að berjast fyrir meiri sjálfstjórn svæðisins.

Eftir þjóðaratkvæðagreiðslu um sjálfstjórn var haldin í sept. 1990 stofnuðu stjórnmálaleiðtogarnir Trans-Dnestr-heimastjórnarlýðveldið sem hluta af Sovétríkjunum en áður hafði gagauzfólkið í suðausturhlutanum stofnað sitt eigið heimastjórnarlýðveldi.  Þegar ríkisstjórn Moldóvíu lýsti yfir sjálfstæði landsins árið 1991, lýsti Trans-Dnestr-forystan yfir sjálfstæði frá Moldóvíu.  Blóðug átök hófust fljótlega eftir þessa atburði (1992), þegar Moldóvíuforseti, Mircea Snegur (1990-) skipaði hernum að berja uppreisnina niður.  Uppreisnarmenn nutu stuðnings rússneskra kósakka og 14. hers Rússa og tryggðu yfirráð yfir svæðinu.  Moldóvíustjórn sendi nokkrar beiðnir um afskipti Sameinuðu þjóðanna án árangurs.  Hún neiddist því til að semja um sameiginlegar gæzlusveitir Rússa, Moldóva og íbúa Trans-Dnestr.  Í maí 1993 gáfu Moldavar verulega eftir af kröfum sínum og leyfði rússneskum her að búa um síg í austurhluta landsins þar til svæðið fengi sérstaka, pólitíska stöðu.  Forystumenn í Trans-Dnestr voru ekki ánægðir með þessi málalok og kröfðust þess, að þing Moldóvíu afturkallaði hluta af sjálfstæðisyfirlýsingunni frá 1991 og yrði aftur virkur þátttakandi í CIS.

Fyrstu frjálsu þingkosningar í Moldóvíu voru haldnar í febrúar 1994.  Kommúnistar í Landbúnaðar-Demókrataflokknum fengu flest þingsæti.  Nokkrir sameinaðir sósíalistaflokkar komu næstir og mynduðu samsteypustjórn með kommúnistum.  Í þjóðaratkvæðagreiðslu í marz 1994 studdu 90% kjósenda sjálfstæða Moldóvíu með landamærum eins og þau voru árið 1990 en það svæði náði einnig yfir Trans-Dnestr-svæðið.  Í apríl 1994 afnam þingið tungumálslögin frá 1989.