Stjórnkerfi landsins er byggt á gamla Sovétkerfinu að mörgu leyti.  Þingið er heitir enn þá „Supreme Soviet” og þar eru fyrrum kommúnistar í meirihluta, sem náðu sætum í eins flokks kosningum árið 1990.  Askar Akayev, forseti og fyrrum stærðfræðiprófessor, er eini þjóðhöfðingi í Mið-Asíu, sem var aldrei meðlimur Kommúnistaflokknum.  Hann fékk mikil völd, m.a. að skipa og reka embættismenn.  Hann felldi úr gildi lög um sovézku ráðin og kom upp nýju stjórnkerfi, sem gera honum kleift að hafa áhrif að stjórn héraðanna.  Utanríkisstefna hans, beiting valds og einkavæðing landsvæða ollu mikilli óánægju meðal stjórnarandstæðinga.  Akayev er dyggur stuðningsmaður CIS en Kirgizía hefur verið aðilið að Bandalagi sjálfstæðra ríkja síðan 1991.