Þegar Spánverjar gerðu Hondúras að nýlendu, voru þar margar ættkvíslir indíána, þ.á.m. majar, sem voru þróaðastir þeirra.  Gullið laðaði Spánverja til landsins snemma á 16. öld og námubærinn Gracias varð höfuðborg þeirra í Mið-Ameríku árið 1544.  Fjórum arum síðar var gullið uppurið og Santiago (Antigua Guatemala) varð nýja höfuðborgin í konungsríkinu Gvatemala.  Hondúras með höfuðborgina Comayagua var hérað í þessu konungsdæmi (audiencia) innan landstjórnarsvæðis Nýja-Spánar.  Skömmu eftir 1570 fannst silfur á hálendinu og fjöldi leitarmanna flykktist þangað. Miðstöð þeirra var í Tegucigalpa, sem stækkaði verulega og keppti við Comayagua, einkum á 18. öldinni.  Landbúnaðurinn, sem var og er aðalstólpi efnahagslífsins í landinu, þróaðist mjög hægt.  Byggðir Spánverja áttu stöðugt undir högg að sækja vegna sífelldra árása sjóræningja, bæði sjálfstæðra og síðar á vegum brezka flotans, sem stefndi að yfirráðum á ströndum Karíbahafsins.  Spánverjar vörðust ekki af hörku, heldur drógu sig fjær ströndinni og síðar yfir að Kyrrahafinu, þar sem þeir voru nær samgöngukerfi sínu.  Þannig náðu Bretar fótfestu á Moskítóströndinni við Karíbahafið og sambo-miskito indíánarnir í strandhéruðunum voru bandamenn þeirra.  Á 18. öld stóðu spænsku Bourbonkonungarnir fyrir átaki til að ná aftur yfirráðum á Karíbaströndinni með góðum árangri og þeir byggðu m.a. Omoavirkið við Hondúrasflóa í kringum 1779.

Spánverjar veittu landinu sjálfstæði árið 1821 og losnaði það undan yfirráðum Mexíkó, þegar það tók þátt í bandalagi héraðanna í Mið-Ameríku.  Ágreiningur milli frjálslyndra og íhaldsamra afla innan bandalagsins varð því að falli.  Frjálslyndir studdu lýðræði, frjálsa verzlun, minni afskipti stjórnvalda, minnkun valda katólsku kirkjunnar og erlendar hugmyndir um framþróun.  Íhaldsmenn vörðu klerkaveldið, voru hliðhollir einveldi, tortryggðu erlendar hugmyndir og voru hlynntir Spánverjum.  Árið 1830 varð hinn frjálslyndi Francisco Morazán forseti bandalagsins og dró úr veldi klerkanna og jók útflutning landbúnaðarafurða.  Andstaða íhaldsmanna og almennings olli hruni bandalagsins og Hondúras lýsti yfir algeru sjálfstæði 5. nóvember 1838.  Íhaldsmenn, sem studdu katólsku kirkjuna, tóku við völdum með Francisco Ferrera í fararbroddi.  Hann varð fyrsti forseti landsins, sem var kosinn samkvæmt stjórnarskránni 1. janúar 1841.  Stjórnvöld í Hondúras reyndu að endurvekja Mið-Ameríkubandalagið um miðja 19. öld, þrátt fyrir sjálfstæðisyfirlýsinguna, og öflugir nágrannar landsins gerðu landsmönnum erfitt fyrir með framkvæmd hennar.  Íhaldsmenn voru við völd fram yfir 1870, sem nægði katólsku kirkjunni til að tryggja sig aftur í sessi.  Stjórn landsins undirritaði samninga við Páfagarð 1861 í þá veru.

Eftir 1871, þegar Justo Rufino Barrios kom til valda í Gvatemala, hneigðust Hondúrasbúar aftur til frjálslyndis og Marco Aurelio Soto varð forseti 1876.  Árið 1880 kunngerðu frjálslyndir nýja stjórnarskrá, sem var ætlað að leiðrétta gerðir íhaldsmanna á meðan þeir voru við völd, og þeir fluttu höfuðborgina frá Comayagua til Tegucigalpa.  Fimm arum síðar kom í ljós, að frjálslyndir í Hondúras og annars staðar voru fyrst og fremst þjóðernissinnar, þegar þeir komu í veg fyrir tilraun Gvatemala til að sameina ríki Mið-Ameríku með valdi.  Frjálslyndir voru við völd langt fram á 20. öldina og studdu erlendar fjárfestingar og hagvöxt en samt sem áður er landið enn þá hið fátækasta í Mið-Ameríku.

Á fyrsta áratugi 20. aldar kom hinn valdamikli Nígvaragvamaður, José Santos Zelaya, Miguel Dávila í forsetastólinn í Hondúras.  Þessi ráðstöfun leiddi til uppreisna og blóðsúthellinga á árunum 1911 og 1912.  Bandaríkjaforseti, William Howard Taft, sendi sjóherinn til að vernda hagsmuni BNA í bananaræktinni.  Bandarísku fyrirtækin þrjú, sem um var að ræða, höfðu stuðlað að hafnarbótum, lagningu járnbrauta, byggingu verkamannabústaða og öðrum þarfaverkum.

Árið 1918 lýsti Hondúras yfir stríði gegn Þýzkalandi en tók engan annan þátt í fyrri heimsstyrjöldinni.  Upp úr því stofnuðu óánægðir frjálslyndir og íhaldsmenn Þjóðarflokkinn til mótvægis við völd frjálslyndra.  Árið 1932 var leiðtogi Þjóðarflokksins, Tiburcio Carías Andino, kosinn forseti í kjölfar stjórnmálalegrar upplausnar, sem heimskreppan olli.  Hann var við völd til 1949.  Stefna hans var lítið frábrugðin stefnu frjálslyndra í stjórn- og efnahagsmálum.

Árið 1941 lýsti Hondúras yfir stríði gegn Japan, Þýzkalandi og Ítalíu.  Ótryggir sjóflutningar ollu mikilli uppsöfnun útflutningsafurða, efnahagskreppu og almennum óeirðum.  Stjórninni tókst engu að síður að halda velli og stóð fyrir ýmiss konar breytingum í velferðarmálum.  Carías stóð af sér stjórnarbyltingu 1947 en fól varnarmálaráðherra sínum, Juan Manuel Gálvez, völdin 1949 (-1954).

Julio Lozano Díaz, 1954-56, stýrði áfram í nafni Þjóðarflokksins en stjórnmálaóreiðan og uppreisn hersins 1957 varð til þess, að þingið kaus Ramón Villeda Morales (1957-63) forseta.  Honum tókst að gera samgöngukerfi landsins nútímalegra og bæta vinnulöggjöfina.  Árið 1963 tók Osvaldo López Arellano ofursti völdin í hallarbyltingu, lýsti sig forseta og kom Þjóðarflokknum aftur til valda.  Sumarið 1969 brauzt út svokallað „fótboltastríð” milli Hondúras og El Salvador.  Þótt kappleik í knattspyrnu væri kennt um, lágu ræturnar dýpra, aðallega í efnahagsástandinu og erjum milli þjóðarbrota.  Stríðið stóð skamma hríð og olli því, að mikið dró úr vonum um umbætur í efnahags- og stjórnmálum Mið-Ameríku.

Herstjórnir voru við völd í landinu frá 1963 þar til Ramón Ernesto Cruz (1971-72) var kosinn forseti. Hann átti „fótboltastríðinu” kosningu sína að þakka, því að Hondúras varð að láta í minni pokann á vígvellinum gegn El Salvador.  Lópes, yfirmaður herafla Hondúras, var engu að síður allsráðandi og í desember 1972 ýtti hann Cruz frá völdum.  Ungir liðsforingjar í hernum þvinguðu López til að koma á ýmsum endurbótum.  Í janúar 1974 tilkynnti hann áætlun um skiptingu lands milli íbúanna en lítið varð um efndir.  López neyddist til að draga sig í hlé 1975 vegna alþjóðlegs mútuhneykslis.  Í hans stað kom Juan Alberto Melgar Castro ofursti (1975-78).  Hagur landsins vænkaðist lítillega á valdatíma hans, einkum vegna hagstæðs heimsmarkaðsverðs á kaffi.  Stjórn hans missti tökin vegna margra hneykslismála.  Policarpo Paz García hershöfðingi komst til valda með friðsamlegri hallarbyltingu síðla árs 1978 og hét því að halda áfram á sömu braut og Melgar en komst fljótt í hann krappan.  Byltingin í Nigvaragva, þar sem Anastatsio Somoza Debayle var rutt frá völdum í júlí  1979, og byltingin í El Salvador sama ár olli ólgu í Mið-Ameríku.  Hondúras tókst að standa þessa þróun af sér og stöðugleiki hélzt í landinu meðan alda hryðjuverka gekk yfir nágrannalöndin.  Í nóvember 1981 voru almennar kosningar í landinu og borgaraleg stjórn valin eftir næstum 17 ára herstjórn.

Nýi forsetinn, Roberto Suazo Dórdova, úr Frjálslynda flokknum, var yfirlýstur andstæðingur kommúnista og ákafur fylgjandi öflugs sambands við BNA.  Miklar væntingar voru um umbætur í ýmsum innanlandsmálum en lítið varð úr þeim vegna vaxandi innanlandsóeirða.  Mikil andstaða var gegn veru kontraskæruliða í landamærahéruðunum við Nigvaragva, þar sem Bandaríkjamenn þjálfuðu þá til að berjast við sandinistastjórnina.  Hondúrasbúar voru líka mótfallnir herstöðvum BNA, þar sem hermenn frá El Salvador voru þjálfaðir til að efna til að bæla niður uppreisnina þar. Loks bönnuðu stjórnvöld í landinu rekstur þessara herstöðva árið 1984.  Nærvera Bandaríkjamanna olli meiri hervæðingu í landinu og Gustavo Álvarez Martínez, yfir maður heraflans, virtist hafa alla stjórnartauma í höndum sér til 1984, þegar ungir liðsforingjar hliðhollir Suazo ýttu honum frá völdum í miklum mótmælum gegn BNA í Tegucigalpa.  Stjórn Suazos hélt áfram að styðja stefnu BNA gegn stjórn sandinista og fékk talsverðan fjárstuðning fyrir vikið, þ.á.m. uppbyggingu flugvalla og annarra hernaðarmannvirkja.  Síðla á níunda áratugnum tók stjórnin þátt í sameiginlegu átaki stjórna allra Mið-Ameríkulanda til að koma á friði.  Þessar aðgerðir urðu til þess að draga mikið úr áhrifum BNA í Hondúras og stuðningi við kontraskæruliða.

Bandaríkjastjórn hafði vonað, að tengslin við Hondúras yrðu til þess að landið yrði fyrirmyndarlýðveldi í Mið-Ameríku.  Þær vonir brustu, þegar annar frjálslyndur forseti, José Azcona Hoyo, tók við af Suazo 1986, þótt hann hefði fengið mun færri atkvæði en frambjóðandi Þjóðarflokksins, Rafael Leonardo Callejas.  Árið 1989 varð Callejas sigurvegari í kosningunum og varð forseti 1990.  Hann var fyrsti forseti stjórnarandstöðunnar í 57 ár, sem hafði komizt til valda á friðsamlega hátt.

Stjórn Callejas varð brátt að berjast við vaxandi vandamál á vinnumarkaði, öldu glæpa og ofbeldis og ásakanir um spillingu.  Mikill ágreiningur kom upp milli sjálfstæðra bananaræktenda og Chiquitafyrirtækisins árið 1990, sem drógu verulega úr útflutningi banana og árið 1992 voru meðaltekjur í Hondúras orðnar 40% af því, sem þær voru fyrir.  Þessi efnahagskreppa gerði frjálslyndum kleift að ná völdum aftur 1994.  Umbótaloforð Carlos Roberto Reina tryggðu honum kosningu og frjálslyndir voru endurkjörnir 1997, þótt þeim hefði ekki tekizt eins vel upp og þeir lofuðu.  Nýi forsetinn, Carlos Flores Facussé, verkfræðingur með mikil sambönd við BNA, fulltrúi íhaldsamra afla í Frjálslynda flokknum, lofaði að halda áfram á sömu framfarabraut og forverar hans.  Í október 1998 olli fellibylurinn Mitch svo mikilli eyðileggingur og manntjóni í landinu, að efnahagur þess og samgöngukerfi voru rústir einar á eftir.  Alþjóðasamfélagið hefur stutt við enduruppbygginguna.