Loftslagið er oftast heitt og rakastig hátt á hitabeltisláglendunum en verður svalara, þegar ofar dregur.  Meðalhitinn á láglendissvæðunum neðan 460 m er 27°C.  Á norðurströndinni gætir stundum (október-apríl) svalra norðanvinda frá meginlandi Norður-Ameríku.  Uppi í lægðum og dölum miðhálendisins er meðalhitinn 21°C.  Í höfuðborginni, Tegucigalpa, sem er í hæðóttu landslagi í 975 m hæð yfir sjó, hefst regntíminn í maí og stendur til miðs nóvembermánaðar og hitinn fer stundum upp í 32°C í maí en alla leið niður í 10°C í desember.  Meðalárshiti í 2100 m hæð er u.þ.b. 14°C.  Á láglendissvæðum norður- og austurhlutans og í aðliggjandi fjallendi er meðalúrkoman 1800-2800 mm.  Minnst rignir á tímabilinu frá marz til júní.  Þarna fara stundum fellibyljir yfir á sumrin og valda geysilegri úrkomu.  Á Kyrrahafsströndinni og aðliggjandi fjöllum er meðalársúrkoman 1500-2000 mm en frá desember til apríl er úrkoma lítil sem engin.  Uppi í fjalladölunum er 1000-1800 mm meðalúrkoma.

Gróður.  Í austurhlutanum eru lón og fen með þéttum skógum fenjatrjáa og pálma.  Vestan þessa svæðis eru lágar og sendnar sléttur með mikilli úrkomu og vaxnar furu (pinus caribaea), sem teygjast a.m.k. 65 km frá ströndinni.  Enn vestar, í lágum dölum og á lágum fjöllunum, þar sem rignir allt árið og á norðurfjöllunum, þar sem er líka úrkomusamt, eru breið belti þéttvaxinna laufskóga.  Þar eru m.a. mahónítré, líftré, spænskur sedrus, balsa, rósviður, ceiba pentandra, sapodilla plómutré og gúmmítré (castilloa).  Uppi á úrkomusömu miðhálendinu eru skilyrði góð fyrir eik og furu, enda skiptast þar á graslendi og skógar í lægðum og dölum.  Kyrrahafsslétturnar og fjöllin um kring eru vaxin þéttum hitabeltisskógi og grassléttum.  Talsvert ber á fenjaskógum meðfram ströndinni.

Dýralíf.  Skordýr, fuglar og skriðdýr eru mest áberandi í fánunni.  Fjöldi fiðrildategunda er talsverður og einnig mölflugna, bjallna, býflugna, geitunga, köngullóa, maura og moskítóflugna og mörg þessara skordýra eru alllitskrúðug.  Mikið er af sund- og vaðfuglum í strandhéruðunum og krókódílar, snákar, eðlur (stóra ígvana o.fl.) og skjaldbökur eru á regnskógasvæðunum.  Víða eru dádýr, villisvín (peccary), tapírar, púmur, jagúarar og villikettir.  Í lónum og á grunnsævi úir og grúir af skelfiski og ýmsum fiskategundum.  Spánverjar ruddu víða brott skógi inni í landi til að fá land til ræktunar og þar gætir uppblásturs.  Mikið var notað af skordýraeitri við bananarækt um miðja 20. öldina, sem olli umhverfisspjöllum í strandhéruðunum.

Á tveimur síðustu áratugum 20. aldar voru margir þjóðgarðar og náttúruverndarsvæði stofnuð til að varðveita náttúrulegan gróður og dýralíf landsins.  Meðal þeirra er Mt. Bonito þjóðgarðurinn (1987), sem er 1125 km² og verndaða skógarsvæðið Cuero y Salado (1987) auk Isopohöfða (1992).  Mt. Azul de Copán þjóðgarðurinn (155 km²) er við landamærin að Gvatemala.  Þar er regnskógasvæði umhverfis hinar frægu majarústir í Copán.  La Tigra þjóðgarðurinn var stofnaður 1980 (238 km²) uppi í þokuskógunum nærri höfuðborginni Tegucigalpa.