Tomás de Berlanga, biskup í Panama, fann eyjarnar árið 1535 eftir að hann hafði lent í hafvillum á leiðinni til Perú.  Hann kallaði þær „Las Encantadas” (Töfraeyjar) og lýsti fjálglega þúsundum risaskjaldbakna, sem hann sá þar, í ferðasögu sinni.  Fjöldi spænskra sæfara kom við á eyjunum upp frá því og sjóræningjar og hval- og selveiðimenn komu sér þar fyrir.  Ekkert ríki hafði helgað sér eyjarnar í tæpar þrjár aldir, þegar landnám hófst á Santa María-eyju árið 1832.  Þá sló Ekvador eign sinni á þær.  Eftir að náttúrufræðingurinn Charles Darwin heimsótti eyjarnar árið 1835 urðu þær heimsfrægar.  Hann setti byggði kenningu sína um þróun tegundanna að hluta til á óvenjulegri fánu og náttúrvali eyjanna árið 1859.  Núverandi nafn eyjanna er dregið af spænska orðinu „galápago”, sem þýðir skjaldbaka.

Einkenni loftslagsins í eyjaklasanum er lítil úrkoma og raki og tiltölulega lágur loft- og sjávarhiti.  Tegundaauðgi jurta og dýra skiptir þúsundum tegunda, sem finnast í flestum tilfellum ekki annars staðar.  Á þurrum láglendissvæðum eru kaktusskógar.  Á næsta þrepi ofar eru skógar, þar sem pisonia- og gvavatré eru ríkjandi og enn ofar eru scalesia-tré og þéttur runnagróður ríkjandi.  Á hæstu svæðum vaxa m.a. burknar og gras.

Eyjaklasinn er kunnastur fyrir óvenjulega fánu.  Risaskjaldbökurnar eru taldar vera meðal langlífustu dýra jarðar.  Elzta skjaldbakan, sem fundizt hefur varð 152 ára, en ekki er hægt að fullyrða, að þær verði allar svo gamlar.  Skyldleiki margra dýra eyjanna við fánu Suð- og Mið-Ameríku gefur til kynna, að þau séu kominn af þeim.  Vegna aðlögunar sinnar að skilyrðum Galapagoseyja hafa þróast margar undirtegundir.  Finkurnar á Galapagos eru af mörgum undirtegundum, sem hafa aðlagast mismunandi skilyrðum en eru allar af sama uppruna.  Aðalmunurinn liggur í þróun nefsins, stærð þess og lögunar.  Hinar einstöku sundeðlur, sem nærast á þangi, þekja sums staðar strandsvæði svo hundruðum skiptir.  Enn ein athyglisverð dýrategund er ófleygi skarfurinn.  Þarna lifa líka mörgæsir og loðselir í nánu sambandi við landdýr hitabeltisins.

Íbúar eyjanna, sem eru flestir frá Ekvador, búa í byggðum á San Cristóbal, Santa María, Isabela og Santa Cruz og á Baltra er ekvadorísk herstöð.  Sumar eyjanna eru nokkurn veginn ósnortnar en á öðrum vaxa nú orðið aðfluttar plöntur og þær hafa orðið fyrir átroðningi íbúanna og ferðamanna.  Aðalatvinnuvegir eyjaskeggja eru ferðaþjónusta, fiskveiðar og landbúnaður.  Tugir þúsunda ferðamanna heimsækja eyjarnar ár hvert (u.þ.b. 60 þúsund skömmu fyrir aldamótin).  Áætlaður íbúafjöldi árið 1998 var 15.500.