Suður-Dakota er stjórnað í anda stjórnarskrárinnar frá 1889.  Æðsti embættismaðurinn er fylkisstjóri, sem er kosinn í almennum kosningum til 4 ára í senn og má aðeins starfa í tvö samfelld kjörtímabil, ef hann nær endurkjöri.  Aðrir kjörnir embættismenn eru varafylkisstjóri, innanríkisráðherra, dómsmálaráðherra, fjármálaráðherra, ríkisendurskoðandi og menntamálaráðherra, sem er einnig umsjónarmaður þjóðlendna.

Þingið starfar í öldungadeild (35) og fulltrúadeild (70).  Þingmenn beggja deilda eru kosnir til tveggja ára í senn.  Fylkið á tvö sæti í öldungadeild og eitt sæti í fulltrúadeild sambandsþingsins í Washington DC og ræður þremur kjörmönnum í forsetakosningum.

Yfirleitt hefur lýðveldisflokkurinn haft yfirhöndina í kosningum heima og í Washington DC en ekki án undantekninga.  Frjálslyndi demókratinn George S. McGovern sat í öldungadeild sambandsþingsins á árunum 1963-81.  Honum tókst ekki að ná fylgi kjörmanna fylkisins, þegar hann bauð sig fram til forsetaembættisins árið 1972, enda höfðu þeir undantekningalítið stutt frambjóðendur lýðveldisflokksins til embættisins.