Fyrstu viðurkenndu könnunarleiðangrar inn á Suður-Dakotasvæðið voru farnir árið 1743.  Þar voru á ferðinni Francois og Louis Joseph de La Vérendrye, synir fransk-kanadíska landkönnuðarins Pierre Gaultier de Verennes, sieur de La Vérendrye.  Áberandi kennimerki var komið fyrir þar, sem nú er Fort Pierre, til að tryggja Frökkum rétt til Dakotasvæðisins.  Í lok 18. aldar komu þangað skinnaveiðimenn og kaupmenn frá Missouri-fljótinu.  Árið 1803 varð búsvæði dakota-indíána hluti af BNA við Louisiana-kaupin.  Lewis og Clark leiðangurinn fór í gegnum svæðið á leið sinni vestur til Kyrrahafs árið 1804 og í bakaleiðinni árið 1806.

Landnám.  Fyrsta varanlega byggðin reis árið 1817 breint á móti borgarstæði Pierre.  Árið 1832 lét Ameríska skinnafélagið reisa virkið Pierre Chouteau.  Eigandi fyrirtækisins var hinn þýzkættaði John Jacob Astor, sem rak einnig gufubáta á Missouri-fljótinu.  Árið 1855 seldi félagið sambandsstjórninni virkið.  Árið 1849 varð svæðið austan Missouri-fljóts hluti af héraðinu Minnesota og 1854 varð svæðið austan fljótsins hluti af Nebraskahéraði.  Árið 1861 var allt svæðið, að Wyoming, Montana og hluta Austur-Idaho sameinað sem Dakotahérað með höfuðborginni Yankton.  Landnám þessa svæðis gekk hægt til ársins 1874, þegar gull fannst í Svörtuhæðum á hinu stóra verndarsvæði sioux-indíána.  Þá þusti fjöldi gullgrafara þangað alls staðar að.  Sambandsstjórnin reyndi að halda aðkomumönnum frá Svörtuhæðum þar til samkomulag næðist við indíánana.

Árið 1875 hafði ekki tekizt að fá indíánana til að afsala sér landréttindum til sambandsstjórnarinnar, sem sleppti þá takinu af gullleitarmönnum og lét þá sjálfráða.  Næsta ár fundust fleiri gullæðar víðar, s.s. í Homestake-námunni við Lead í suðvesturhluta landsins.  Á árabilinu 1879-86 var hraður skriður á landnáminu.  Íbúarnir bjuggu sig undir umsókn um fylkisréttindi og árið 1889 var Dakotahéraði skipt.  Suður-Dakóta varð fylki í BNA 2. nóvember 1889 og Pierre varð höfuðborgin.  Sioux-indíánarnir létu af hendi hluta lands sins vestan Missouri-fljóts og þangað var farið að beina landnemum árið 1890.

Næstu áratugina bjuggu bændur landsins við bág kjör vegna langvarandi þurrka.  Vandamál þeirra voru leyst á fimmta áratugi 20. aldar með miklum stíflum og áveitum í og meðfram Missouri-fljóti.  Fjögur lón gerðu íbúunum kleift að koma í veg fyrir flóð, að nýta vatnið til áveitna og framleiðslu rafmagns og skjóta öflugum stoðum undir ferðaþjónustu.  Sívaxandi vélvæðing landbúnaðarins olli miklu atvinnuleysi og fjöldi ungs fólks fluttist brott úr fylkinu.  Atvinnuþróunarhópar voru settir þessari þróun til höfuðs á sjöunda áratugnum til að stuðla að uppbyggingu nýs iðnaðar.  Á tíunda áratugnum var fylkisstjórnin sannfærð um, að hagstæð skattalög og vatnsauðgi fylkisins yrði til að bæta efnahaginn, þótt fátæktin á verndarsvæðunum minnkaði ekki.  Árið 1993 ollu mikil flóð í Missouri-fljótinu og öðrum vatnsföllum í miðvesturfylkjunum gífurlegu tjóni.