Þegar Kólumbus bar að landi á San Salvador 12. oktober 1492 og hann hélt að hann væri kominn að ströndum Indlands, bjuggu afkomendur arawaka, lucayar (lukku-cairi) á eyjunum.  Þeir voru afkomendur karíba, sem er kvísl frá arawökum, sem komu upprunalega frá S.-Ameríku.  Lucayar komu til Bahamaeyja á 8.-9. öld.  Nú er fátt, sem minnir á þessa frumbyggja, því að sporin hafa máðst í tímans rás.

Þar sem eyjarnar höfðu ekki mikla viðskiptalega þýðingu fyrir Spánverja, settust fáir þeirra þar að og flestir aðeins til skamms tíma.  Samt sem áður fluttu þeir alla frumbyggjana, u.þ.b. 20.000 talsins, nauðuga frá eyjunum til þess að fá vinnuafl við gullnám á Kúbu og Hispaniola.  Árið 1513 fann Ponce de León Flórída, þegar hann var að leita að lind hinnar eilífu æsku, sem indíánar á nyrztu eyjunum einum átti að vera kunnugt um.

Þegar kaupskipaferðum milli vestur-indísku eyjanna og Evrópu fjölgaði, settust margir sjóræningjar að á Bahamaeyjum.

Hinn 30. oktober 1529 komust eyjarnar undir stjórn Breta.  Karl I gaf þær Sir Robert Heath.  Árin 1647/48 lentu hinir svonefndu  „ævintýrafrelsingjar" (eleutherian adventurer) undir stjórn William Sayles, fyrrum landstjóra á Bermuda, á eyjunni Eleuthera og stofnuðu þar fyrsta lýðveldið í nýja heiminum.  Sayles stóð einnig fyrir landnámi á New Providence, sem þá var nafnlaus eyja, árið 1666, en hún er nú orðin mikilvægasta viðskiptamiðstöð Bahamaeyja með höfðuborginni Nassau.

Eftir samningana árið 1670 tóku sex landeigendur í Karolínaríki við stjórn eyjanna.  Í tæplega fimmtíu ár ríktu veikgeðja og lítilsigldir landstjórar á eyjunum.  Viðskiptalífinu hnignaði stöðugt og það leiddi til stjórnleysis.  Árið 1703 lagði spánsk-franskur floti New Providence undir sig.  Á þessum tímum urðu margir sjóræningjar og víkingar frægir, s.s. Hornigold, Major Stede Bonnett,  Edward Teach (Blackbeard) auk Mary Read og Ann Bonny.  Frá árinu 1718 reyndi Woodes Rogers, fyrsti konunglegi landstjórinn, að koma á lögum og reglu.  Nassauvirkið var endurbyggt og varnarlið stofnað.  Árið 1728 var fyrsta þingið stofnað og 24 þingmenn samþykktu fyrstu lög eyjanna.  Að Rogers látnum, árið 1732, snéru eyjaskeggjar sér aftur að ólöglegum athöfnum og sjóræningja- og víkingalífi.  Einkum var það arðbær „atvinnuvegur”, að ginna skip í strand með villuljósum í landi.  Fyrsti vitinn við hafnarmynnið í Nassau var byggður árið 1816.

Árið 1716 dróst New Providence inn í átökin samfara sjálfstæðisbaráttu Bandaríkjamanna.  Árið 1782 komst eyjan um tíma undir stjórn Spánverja en Andrew Deveaux ofursti, síðar þingmaður Bahamaeyja, vann hana aftur undir Breta.  Margir konungssinnaðir Bandaríkjamenn fluttust til eyjanna með þræla sína til að tryggja sér land.  Á skömmum tíma tvöfaldaðist fjöldi hvítra manna þar og fjöldi svartra þrefaldaðist.  Vatnsskortur og bjölluplágur gerðu baðmullarekrurnar fljótlega óarðbærar, svo að margir óðalsbændur urðu að yfirgefa eyjarnar.  Á fjórða tugi 19. aldar var þrælum gefið frelsi, þar sem eigendur þeirra gátu ekki séð þeim farborða.  Hinn 1. ágúst 1838 tóku frelsislögin gildi.  Síðan er þessa atviks minnst með almennum frídegi.

Þegar frelsisstríðir í Bandaríkjunum brauzt út árið 1861 og hafnbann var sett á Suðurríkin, varð Nassau fundarstaður þeirra, sem reyndu að brjóta hafnbannið og  flóttamanna frá Suðurríkjunum.  Að frelsisstríðinu loknu reið efnahagskreppa yfir nýlenduna.  Í lok 19. aldar varð útflutningur svamps mikilvægur fyrir íbúana.  Mengun á uppeldisstöðvum svampanna dró síðan stöðugt úr framleiðslunni.  Þá var hafin ræktun ananas og sísalplöntunnar, en sú þróun hafði aðeins tímabundin áhrif á efnahaginn.

Þegar bannlögin voru sett í Bandaríkjunum (1919) óx vegur eyjanna, einkum Nassau, sem viðkomu- og umskipunarstaður smyglara.  West End á Grand Bahama og Biminieyjar urðu miðstöðvar þessara áhættuviðskipta.  Árið 1920 var fyrsta spilavítið opnað í Nassau.  Níu árum síðar var komið á flugsamgöngum milli Miami og Nassau.  Á þessum tímum komu einungis bandarískir auðmenn til eyjanna til afslöppunar eða til að fjárfesta.  Kanadamaðurinn Harry Oakes, sem hóf fjárfestingu árið 1934, endurvakti atvinnulífið af dvala og dró verulega úr atvinnuleysi.

Á meðan á seinni heimsstyrjöldinni stóð voru nokkrar herstöðvar bandamanna á eyjunum og þar fór líka fram menntun og þjálfun hermanna.  Á stríðsárunum, 1940-1945, var hertoginn af Windson, sem hafði afsalað sér konungsdæmi vegna bandarískrar konu, landstjóri eyjanna.  Árið 1942 brutust út óeirðir á New Providence af félagslegum ástæðum.  Þeim lauk eftir að Sir Harry Oakes hafði verið myrtur á dularfullan hátt.

Að lokinni s.hst. jókst ferðamannastraumur til eyjanna mjög.  Þegar árið 1950 komu u.þ.b. 45.000 ferðmenn.  Árið 1963 fengu eyjarnar nýja stjórnarskrá eftir enskri fyrirmynd og næsta ár heimastjórn.  Hinn 10. júlí 1973 fengur eyjarnar fullt sjálfstæði en héldu áfram að vera í Brezka samveldinu.

Á sjöunda áratugunum varð fordæmalaus uppbygging á New Providence og Grand Bahamas.  Það var ekki sízt vegna þess, að Kúba hætti að vera ferðamannastaður eftir að Castró komst til valda.

Frá því á áttunda áratugnum hefur komið fjöldi „viðskiptaflóttamanna" og bátafólk frá Haiti.  Í maí 1980 sökkti kúbönsk orrustuflugvél varðskipi frá Bahamaeyjum.  Skömmu síðar bundust Bandaríkin og Bahamaeyjar samtökum um bætta strandgæzlu.  Árið 1984 kom upp alvarleg pólitísk kreppa á eyjunum.  Þingmenn og ríkisstjórn voru sökuð um alvarlega spillingu, jafnvel tengsli við eiturlyfjabaróna og eiturlyfjasölu.  PLP flokkurinn, sem stofnaður var 1977, lét til skarar skríða árið 1987.

Árið 1988 urðu hlutar Bahamaeyja illa úti í fellibyljum.