Flóra og fána.  Vegna dreifingar úrkomunnar eru þéttvaxnar runnasteppur í Suður- og Norðvestur-Sómalíu með öðrum safaríkum plöntum og nokkrum tegundum akasía.  Uppi á hásléttunum í norðurhlutanum eru víðáttumiklar grassléttur með lágvöxnum þyrnirunnum og dreifðum grasstúfum við jaðrana.  Norðaustur-Sómalía og stórir hlutar norðurstrandarinnar eru næstum gróðursnauðir.  Einu undantekningarnar eru þurrir árfarvegir (wadi) og blautir blettir í strandfjöllunum, þar sem reykelsistré (Boswellia) vex.  Mirrutréð (Commiphora) þrífst á mörkum gróður- og gróðursnauðra svæða í Suður- og Mið-Sómalíu.

Vegna rangrar landnýtingar, einkum í Norður-Sómalíu, hefur upprunalegum gróðri víða hrakað mjög og sums staðar er hann alveg horfinn.  Þessi þróun hefur haft þau áhrif, að villt dýr hafa hrakizt af vistsvæðum sínum og afurðir húsdýra hafa rýrnað (aðallega geitur, sauðfé, kameldýr, drómedarar og nautgripir).  Enn þá er fjöldi tegunda villtra dýra um allt landið, einkum allrasyðst:  Hýenur, refir, hlébarðar, ljón, vörtusvín, strútar, litlar antilópur og mikill fjöldi fuglategunda.  Hörmulegt er, hve gíröffum, sebrahestum, gný, flóðhestum, nashyrningum og síðast en ekki sízt, fílum, hefur fækkað.  Veiðiþjófar vaða uppi og slátra fílum og nashyrningum, að því er virðist, af hjartans lyst.  Yfirvöld hafa gripið til ýmissa varnaraðgerða, s.s. að stofna þjóðgarð á Neðra-Shabeelle-fenjasvæðinu.

Vatnasvið.  Flatneskja landsins er skorin nokkrum djúpum dölum.  Norðaustast eru dalirnir Dharoor og Nugaal, sem vatn rennur um á regntímanum til Indlandshafs við Xaafuun og Eyl.  Í suðvesturhlutanum eru einu sírennslisárnar í landinu, Jubba og Shabeelle.  Shaveelle á upptök sín á Eþíópíska hálendinu og skerst djúpt niður í háslétturnar áður en hún bugðast um sanda til strandar.  Jubba rennur beint frá svæðum norðan Kismaayo til sjávar.  Shabeelle sveigir til suðvesturs rétt norðan Mogadishu og rennur um stórt fenjasvæði áður en hún sameinast Jubba.  Jubba er vatnsmeiri en Shabeelle, sem þornar stundum upp neðst, þegar lítið rignir á Eþíópska hálendinu.  Á þurrkatímanum eru þessar ár mikilvægar öllu lífi í grennd við þær.  Vegna þess, hve grunnvatnið liggur djúpt og er stundum hlaðið steinefnum, er nauðsynlegt að nýta allt vatn, sem berst til yfirborðsins, sem bezt.

Loftslag.  Sómalía er beggja vegna miðbaugs og tilheyrir hitabeltinu.  Loftslagið er ekki venjulegt hitabeltisloftslag, því landið er þurrt norðaustantil og miðsvæðis og norðvestan- og sunnanlands eru hálfeyðimerkur.

Árstíðirnar eru fjórar, „gu” eða aðalregntíminni (apríl-júní), „dayr” regntíminn frá október til desember.  Í kjölfar beggja regntímanna fylgir þurrkaskeið, „jilaal” frá desember til marz og „xagaa” frá júní til september.  Á síðari þurrkatímanum er skúratími með ströndum fram.

Í norðausturhlutanum er meðalársúrkoman 100 mm og 200-300 mm á miðsléttunum.  Suðaustan- og norðvestanlands er meðalúrkoman 500-600 mm.  Á strandsvæðunum er heitt, rakt og óþægilegt allt árið en inni í landi er heitt og þurrt.  Í landinu ríkir einhver hæsti meðalhiti í heimi.  Í Berbera á norðurströndinni er meðalhitinn síðdegis rúmlega 38°C frá júní til septemberloka.  Hæsti hitinn er inni landi en meðfram ströndum Indlandshafs er svalara vegna kalds hafsstraums.  Meðalhitinn síðdegis í Mogadishu er frá 28°C í júlí til 32°C í apríl.