Madagaskar er skipt í þrjú samhliða svæði, miðhásléttuna, strandlengjuna austanverða og lægri sléttur að vestanverðu.  Vesturslétturnar eru í 800-1400 m hæð yfir sjó.  Þær hafa risið og lækkað á víxl vegna jarðskorpuhreyfinga og hallar til vesturs.  Þær rísa hæst á þremur stöðum í tæplega 2800 m.  Tsaratanana-svæðið í norðurhlutanum er aðskilið frá hinum hlutum sléttnanna um Tsaratananafjöll, sem rísa hæst í 2876 m (hæsti hluti eyjarinnar).  Ankaratrafjöllin í miðju landi er gríðarmikill og eldvirkur fjallabálkur (2626m).  Um hann liggja vatnaskil milli austurs og vesturs og þriggja aðalvatnsfalla eyjarinnar.  Sunnar eru Andringitrafjöll, mikill granítfjallabálkur norðan Tôlanaro.  Boby-tindur er 2642 m hár.

Halli sléttnanna er jafnari í átt að syðsta hlutanum en við mörkin milli austurs og vesturs er brattinn meiri.  Þær lækka til austurs um greinilegt misgengi á milli 300-600 m.  Klettabeltin þar (Miklaklif, Angavoklif), eru víða ókleif.  Þau ná austur að Betsimisaraka-klettabeltinu, sem er lægra og gnæfir yfir strandlengjunni.  Handan þess eru ummerki fornra stöðuvatna (Alaotra).  Sunnantil hallar báðum misgengnunum niður á Mahafaly- og Androy-slétturnar, sem enda í þverhníptum sjávarhömrum.  Hallinn til vesturs er stöllóttur.  Sums staðar er miðhásléttan girt ófærum klettabeltum (Bongolava).  Lengst í norðri eru lágreist Ambohitrafjöllin, sem ná yfir nokkrar gígaþyrpingar.

Strandlengjan er að meðaltali 50 km breið.  Hún er mynduð af árframburði næst sjó og þar eru lón, sem voru tengd með 600 km löngum Pangalanes-skipaskurðinum.  Sunnan Farafangana verður ströndir klettótt og í suðvesturhlutanum eru margar víkur.  Að norðaustanverðu er hinn djúpi Antongil-fjörður.

Vestursvæðið er 100-205 km breitt.  Setlögum þess hallar niður að Mósambíksundi um hæðótt landslag og endar í klettahlíðum.  Strandlengjan er bein með lágum sandöldum og fenjum.  Hafstraumarnir í sundinu hafa borið með sér árset og valdið myndun þurrlendis í árósum.  Á norðvesturströndinni er fjöldi árósa og fjarða.  Fyrir ströndinni þar eru kóralrif og eldvirkar eyjar (Nossi-Bé), sem skýla Ampasindaya-flóa.

Fjöldi stuttra en straumþungra vatnsfalla fellur um brattan austurhluta hásléttunnar.  Þessar ár renna annaðhvort til fenjanna eða beint í sjó fram um foss og flúðir.  Hinar helztu eru Mandrare, Mananara, Faraony, Ivondro og Maningory.  Lengri og stærri ár falla um flatari vesturhlutann (Onilahy, Mangoky, Tsiribihnina og Betsiboka).  Þær flytja með sér mikið magn ársets, sem sezt til á sléttunum og ósunum.  Á eyjunni er fjöldi gígvatna (Itasy).  Alaotravatn er hið eina, sem er eftir í austurhlíðunum.  Tsimanampetsotsa-vatn niðri við ströndina sunnan Toliara er eina salta stöðuvatnið, sem hefur ekki frárennsli.

Berggrunnur miðhásléttunnar er aðallega gneiss, granít, kvarts og aðrar kristallaðar bergmyndanir.  Gneiss rotnar og umbreytist í járnlitað efni, báxít og djúpan, rauðan jarðveg, sem ljær eyjunni rauðan blæ (Stóra rauða eyjan).  Mikil ræktun er stunduð í frjósömum árframburði í dölunum.  Inn á milli er einnig frjósamur gjóskujarðvegur, sem er laus í sér og auðveðranlegur.  Alaotravatn er stór, uppþornaður vatnsbotn, sem er eitthvert bezta ræktunarsvæði eyjarinnar.  Á vesturþriðjungi eyjarinnar eru aðallega miðlungs- og ófrjósöm setlög.