Steingervingar benda til búsetu forfeðra manna fyrir 2-3 miljónum ára.  Nú er Kenja deigla fjölda þjóðflokka, sem hafa flutzt til landsins síðast liðin 1500 ár.  Fyrir árið 1000 var Austur-Afríka í leið fólks, sem fluttist frá Nílarhéruðunum í norðri.  Innrásarfólkið, hima, var landbúnaðaraðall, sem stundaði nautgriparækt og stofnaði voldug konungsríki.

Innrásir bantumanna eftir aldamótin 1400 hröktu flesta afkomendur Nílaraðalsins inn á núverandi landsvæði Úganda eða Tansaníu.  Luo-fólkið lét ekki hrekja sig brott og blandaðis bantumönnum. 

Síðan réðust bantumenn inn í Kenja eftir tveimur leiðum.  Kamba- og Kikuyu-menn fóru nyrðri leiðina vestan vatnanna miklu og settust að á hálendinu.  Taitafólkið fór syðri leiðina og aðrir bantumenn frá strandsvæðunum komu í kjölfarið.  Báðir þessir hópar skipuðu sér í ættbálka, sem stjórnuðu sér sjálfir.  Kikuyumenn, sem voru fjölmennastir bantufólksins, höfðu svipaðan hátt á.  Stór og voldug konungsríki bantumanna voru aldrei stofnuð í Kenja.

Jarðvegurinn á hásléttunum var frjósamur og landbúnaðurinn blómstraði.  Bantufólkið, sem bjó í Misgengisdalnum, hæðóttu hálendinu og í Aberdarefjöllum varðist öðrum hópum innrásarmanna og hélt stöðu sinni.

Á 17. öld kom annar hópur innrásarmanna frá svæðunum norðan Turkanavatns (Rúdolfsvatn).  Þar voru Nílar-hamískir maasaimenn á ferðinni með nautgripahjarðir sínar.  Þeir völdu að koma sér fyrir á lægri sléttunum í mið- og suðurhlutum landsins og lentu aðeins í útistöðum við bantu-fólkið á útjöðrum svæðanna.  Þetta var einnig ættbálkafólk, sem valdi mestu stríðsmennina sem höfðingja, en hélt aldrei stóra heri.  Hvorki þeir né bantufólkið var Evrópumönnum erfiður ljár í þúfu, þegar þeir skiptu Austur-Afríku á milli sín á 19. öld.

Zenj-ríkin og Portúgalar.  Eftir 1100 réðu kaupmenn og landnemar frá Suður-Arabíu strandhéruðunum.  Þeir stofnuðu mörg Zenj-ríki (arabíska Zenj = svart fólk; Land hinna svörtu).  Hin voldugustu þeirra voru Malindi og Mombasa.  Islömsku athafnamennirnir létu sér nægja að hafa stjórn á viðskiptum innanlands og borgir þeirra urðu mikilvægar hafnarborgir vegna viðskipta um Indlandshaf.  Smám saman þróaðist arabísk-bantumenning á strandlengjunni, sem einkenndist af tungumálablöndunni Swahili, sem varð viðskiptamál Austur-Afríku.

Zenj-ríkin, sem voru oftast óháð hverju öðru, lentu stundum í höndum voldugra siglingaríkja utan Afríku.  Furstadæmið Oman og Muscat keppti öldum saman við Evrópumenn um yfirráðin í viðskiptum á ströndinni.  Portúgalar, sem komu eftir að Vasco da Gama hafði fundið siglingaleiðina til Indlands 1498, reyndu að einoka öll viðskipti um Indlandshaf og þeir náðu yfirráðum í Zenj-ríkjunum í rúmlega eina öld, þrátt fyrir mikla andstöðu.  Eitt minnismerkja um veldi þeirra er Jesúsvirkið (16. öld) í Mombasa.  Eftir að Hollendingar og Englendingar höfðu náð viðskiptunum frá Portúgölum á 17. öld, fengu Zenj-ríkin aftur sjálfstæði.

Oman konungsættin.  Snemma á 19. öld náði Sayyd Said, soldán af Oman, öllum borgríkjunum norðan Delgadohöfða undir sig.  Hann réði yfir miklu viðskiptaveldi en reyndi ekki að ná völdum í löndum bantu-ættbálkanna inni í landi.  Loks flutti hann höfuðborg sína til eyjunnar Zanzibar, sem er nú hluti af Tansaníu.  Smáraplantekrurnar á Zanzibar og olíupálmaskógarnir á Mombasaeyju kröfðust mikils vinnuafls og þrælahald var tekið upp.  Viðskiptin, sem var stjórnað frá Mombasa og Zanzibar, náðu alla leið til Zaire, langt inni í álfunni.  Swahilimælandi þrælakaupmenn fóru stundum ránshendi um þorp bantu-manna en oftast keyptu þeir þrælana á mörkuðum í hinum voldugri Afríkuríkjum

Grimmdin, sem ríkti í þrælasölunni, endurvakti áhuga Evrópumanna á Kenja.  Breski ræðismaðurinn á Zanzibar var í fararbroddi hreyfingar gegn þrælasölunni.  Um miðja 19. öld undirritaði soldáninn samninga um takmörkun þrælaverzlunar gegn loforði um áframhaldandi vernd.  Árið 1873 óttaðist sonur Said soldáns, Barghash, að Bretar styddu evrópska valdatöku í ríki hans og samþykkti afnám þrælahalds og þrælasölu.

Brezk stjórn.  Brezki ræðismaðurinn (1873-86), John Kirk, ráðlagði Barghash soldáni að safna liði og leggja undir sig mestan hluta Austur-Kenja og Tansaníu.  Soldáninn fór ekki að ráðum hans og stóð brátt frammi fyrir valdagráðugum Evrópumönnum.  Þýzkir keisarasinnar voru þar fremstir í flokki og þeir höfðu uppi landakröfur á þinginu í Berlín.  Árið 1886 viðurkenndu Bretar yfirráð Þjóðverja á strönd Tanganyika (nú í Tansaníu) og héldu Kenja fyrir sig.

Árið 1890 var stóru landsvæði skipt á ný.  Konunglega brezka Austur-Afríkufélagið hafði annazt brezka hagsmuni í Kenja um tíma en utanríkisráðuneytið tók við stórn landsins 1896, aðallega vegna áætlana um lagningu járnbrautar frá Mombasa að Viktoríuvatni.  Bantu- og maasai-menn veittu ekki umtalsvert viðnám.  Árið 1902 var stjórn landsins falin nýlenduskrifstofunni og þaðan háðu Bretar langvarandi baráttu gegn Þjóðverjum í fyrri heimsstyrjöldinni.

Stjórnin, sem komið var á fót í Kenja, var að fyrirmynd krúnunýlendna.  Landstjórinn og embættismenn hans voru skipaðir í London.  Flestir Afríkumenn landsins voru áfram undir stjórn eigin höfðingja, sem lutu almennri stjórn brezkra héraðsstjóra.  Lönd ættbálkanna voru tryggð þeim en önnur svæði voru krúnulendur.  Fyrir aldamótin 1900 var hvítum landnemum ljós t efnahagslegt gildi hálendisins og hófu búskap í frjósömu umhverfi Næróbí. 

Í lok fyrri heimsstyrjaldarinnar voru rúmlega 9000 Evrópumenn í Kenja og mestur hluti hálendisins hafði verið tryggður væntanlegum landnemum.  Þótt ríkisstjórnin þættist hliðholl meirihluta innfæddra, dró hún taum hvíta minnihlutans.  Í kreppunni á fjórða áratugnum hafði innfæddum fjölgað svo mjög, að ekki var land til skiptanna fyrir þá.  Fjöldi þeirra gat ekki séð sér farborða með landbúnaði og leitaði til borganna í atvinnuleit.  Þjóðernishreyfingin KAU (Kenya African Union) var stofnuð árið 1944 og barðist fyrir endurskiptingu lands.  Árið 1947 varð Jomo Kenyatta, kunnur leiðtogi kikuyu-manna, leiðtogi hennar.

Mau mau uppreisnin.  Árið 1952 hóf leynihreyfing kikuyu-manna, Mau mau, uppreisn gegn yfirvöldum nýlendunnar.  Í rauninni beindist mesta ofbeldið gegn öðrum kikuyu-mönnum.  Næstu fjögur árin voru 13.000 kikuyu-menn drepnir en aðeins 30 Evrópumenn.  Uppreisnin var yfirvöldum dýr vegna öryggisaðgerða og stjórnmálakreppu, þótt hún breiddist ekki út meðal annarra ættbálka.  KAU-hreyfingin var bönnuð og leiðtogi hennar, Kenyatta, var fangelsaður fyrir meinta aðild að aðgerðum Mau mau.

Yfirvöld urðu að sætta sig við óumflýjanlegar breytingar.  Árið 1956 linnti ofbeldinu og stjórn landsins dró verulega úr stuðningi við hvíta landnema.  Afríkumenn voru þegar farnir að taka þátt í stjórn landsins og smám saman, líkt og í öðrum Afríkuríkjum, réðu þeir meirihluta, sem leiddi til sjálfstæðis Kenja.  Nýr stjórnmálaflokkur, Afríski þjóðarflokkur Kenja (KANU) var stofnaður og fékk meirihluta þingsæta í kosningunum 1961 fyrir sjálfstæðisyfirlýsinguna.  Flokkurinn neitaði að mynda ríkisstjórn á meðan Kenyatta sæti enn þá í fangelsi.  Hann var leystur úr haldi sama ár og leiddi flokkinn til sigurs árið 1963.  Landið fékk opinberlega sjálfstæði 12. desember 1963.

Sjálfstæði.  Landnemarnir báru ugg í brjósti við breytinguna, en stjórn Afríkumanna var hófsöm, hlynnt Vesturlöndum og framsækin.  Í lok sjöunda áratugarins var enn þá aðeins einn stjórnmálaflokkur starfandi en innan hans leiðst talsvert frjálsræði og ríkisstjórnin misbeitti valdi sínu sjaldan.  Endurskipting landsins, sem var kikuyu-mönnum mest í hag, lægði öldurnar meðal höfðingjanna.  Lýst var yfir stofnun lýðveldis í landinu árið 1964.

Valdatíð Kenyatta.  Kenyatta lagði áherzlu á gott samband við nágrannaríkin, þótt það væri stundum erfitt, einkum þar sem Idi Amin í Úganda átti í hlut.  Austur-Afríkubandalagið, efnahagsbandalag þriggja landa, var stofnað 1967 og stjórnmálabandalag þeirra var fyrirhugað.  Fljótlega var fallið frá þeirri hugmynd en aftur var hreyft við henni snemma á níunda áratugnum.

Stjórn Kenyatta var hófsöm og stöðug og laðaði marga erlenda fjárfesta að.  Nýtt iðnaðarsvæði var skipulagt í nánd við Thika og miðborg Næróbí var færð í nútímabúning.  Ferðaþjónustan, sem byggðist á verndarsvæðum villidýra, jókst stöðugt og varð fljótlega aðaluppspretta erlendra gjaldmiðla.  Almenningur og margir þjóðarleiðtogar kölluðu Kenyatta Mzee (gamla vitringinn) á síðustu árum ævi hans.

Að honum látnum magnaðist ólga milli luo- og kikuyu-manna en hún hjaðnaði.  Eftirmaður Kenyatta, Daniel arap Moi, kalenjin, fylgdi í fyrstu sömu, hófsömu stefnu í stjórn- og efnahagsmálum.  Í júní 1982 skipuðust veður í lofti og hann gerði Kenja að einsflokksríki.  Tveimur mánuðum síðar gerðu sveitir í flughernum tilraun til að steypa honum af stóli en hersveitir hollar honum komu í veg fyrir það.  Þegar leið á níunda áratuginn jókst gagnrýni á ríkisstjórnina, bæði innanlands sem utan.  Margir andstæðingar Moi voru fangelsaðir.

Síðla árs 1991 hættu margar lánastofnanir og vestrænar ríkisstjórnir efnahagslegum stuðningi við Kenja til að þvinga Moi til umbóta á stjórnmála- og efnahagssviðunum.  Þá voru flokkar stjórnarandstöðunnar leyfðir og fyrstu fjölflokkakosningarnar í 26 ár voru haldnar 1992.  Moi og KANU-flokkurinn fengu meirihluta.  Ýfingar hófust meðal þjóðflokka landsins og ofbeldið beindist aðallega gegn kikuyu-mönnum.  Tugir þúsunda voru hraktir frá heimilum sínum og hundruð voru drepin um miðjan áratuginn.  Ríkisstjórnin lét ekki af ofsóknum gegn stjórnarandstöðunni og greip til strangra efnahagsaðgerða að kröfu erlendra stuðningsaðila.  Ráðist var gegn spillingu, sem hafði blómstrað lengi.  Aðgerðirnar leiddu til óðaverðbólgu, vaxandi atvinnuleysis og samdráttar í félagslegri þjónustu.

Hinn 28. desember 2007 fóru fram forsetakosningar í landinu.  Þær enduðu með mikilli óöld vegna meintra kosningasvika sitjandi forseta og blóðug átök stóðu fram í byrjun 2008.  Í lok janúar var Kofi A. Annan (frá Ghana), fyrrum aðalritara Sameinuðu þjóðanna, falin málamiðlun.  Hann ferðaðist um og heimsótti flóttamannabúðir.  Niðurstaða hans var, að ógnirnar væru ekki lengur af stjórnmálalegum toga, heldur réði illska og óeðli manna morðum, nauðgunum og öðrum illvirkjum.  Hann hvatti fólk til að láta hefndarhug ekki ráða gerðum sínum og sýna þolinmæði á meðan reynt væri að stilla til friðar.